支气管镜检查是一项成熟的检查手段，危险性极小。常见的严重并发症包括麻醉药过敏、心脏骤停或者是多元性的呼吸停止以及大出血导致窒息等。支气管镜检查之后注意事项包括两小时内禁食，防止误吸；半小时之内不宜多发声，防止出现声音嘶哑、咽痛等一些症状；鼓励患者咳嗽、咳痰、保持气道通畅；注意咳血情况，少量咳血不用特殊处理，咳血量较多需及时通知医生做相应的处理。其禁忌症分为两种，严重的心肺疾病患者，如心力衰竭、肺功能不全、肺动脉高压、严重的心律失常患者；出血风险高患者，如不可纠正凝血功能障碍，严重贫血、严重血小板减少等患者。