子宫内膜异位囊肿可分开理解，即首先发生子宫内膜异位，之后发生囊肿。子宫内膜正常情况应位于子宫腔内，异位后则出现于子宫腔外，又称子宫腔以外子宫内膜囊肿，最常见的发生于卵巢部位，异位的子宫内膜应无功能或不该出现于该位置，但随女性生理周期激素变化，依然表现出血症状，局部因出血无法正常排出，逐渐形成积血，即子宫内膜异位囊肿或巧克力囊肿。