甲状腺囊肿的治疗方法如下：

1、如囊肿体积不超过2.5公分或不超过2公分、边界清晰、周围无浸润，可进行观察或中医以及内科治疗；

2、如出现严重的桥本氏病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎，建议进行内分泌治疗；

3、持续性、多发性的甲状腺囊肿患者，可进行手术治疗，过程中需避免呼吸系统感染，防止甲状腺脓肿的发生；

4、如囊肿体积较大，导致患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状，建议及时进行手术治疗；

5、射频治疗为一种新型的治疗方式，可作为方案备选，但不推荐。