胃间质瘤指来源于胃间质部的肿瘤，目前病因尚不明确，与幽门螺旋杆菌、饮食因素无明确相关性，间质瘤的发生与体内细胞、基因突变有关，尤其与c-kit基因突变密切相关，少见于其他基因突变。引起基因突变的原因尚不明确，是人体生长发育过程中，基因自身发生突变，造成间质来源的细胞不受控制的生长，最终形成了胃肠道间质瘤。