胃间质瘤来源于正常胃黏膜下方，内镜下观察表面为正常胃黏膜，无法常规进行活检，与其它胃部肿瘤相鉴别时，如与淋巴瘤鉴别，需要进行活检。对于影像学评估可以通过手术根治性切除者，通常也不进行活检。不能根治性切除、联合脏器切除者，可以考虑进行活检，采用内镜下超声引导活检，引起肿瘤播散的风险较小。如果选择经腹腔穿刺活检，可造成肿瘤破裂、出血甚至肿瘤播散的风险，需予以避免。