胃间质瘤无确切病因，无法从病因角度进行预防，但可以做到早诊早治，以降低疾病的转移风险，达到预防复发的目的。中危患者要求术后至少辅助治疗三年，高危患者术后辅助治疗时间延长到五年。对于转移复发风险特别高者，甚至需要像高血压、糖尿病等慢性病的治疗一样，遵守终身用药、定期复查的处理原则，才能更有效的防止肿瘤的转移、复发。