肝门胆管癌的病因如下：

1、肝胆管结石：研究表明，肝门胆管癌与肝胆管结石有关，1/3的肝门胆管癌患者合并胆管结石；

2、富含亚硝胺的饮食：可能诱发肝门胆管癌；

3、其他疾病因素：进食生鱼片易导致华支睾吸虫病及先天性胆管囊肿疾病，可造成肝门胆管癌发病率增高，原发性硬化性胆管炎患者由于长期慢性炎症刺激胆管，胆管癌发病率也将增高。