十二指肠乳头肌切开术一旦操作不当，可产生许多并发症：

1、由于十二指肠乳头位于肠壁内，需要切开肠壁，因此可能将肠壁切穿，即肠穿孔；

2、在胆管或者胰管取石过程中，操作过于粗暴，可能导致胆总管创口或者胰管破裂，从而导致胆汁性腹膜炎或者胰腺炎，甚至门静脉损伤；

3、术后乳头继发性水肿，还可能导致胆源性胰腺炎或局部伤口出血。