男性染色体不育治疗方法如下：

1、克氏综合征：主要机理为克氏综合征较正常人群多出1条X染色体，首先评估睾丸体积，如果＞4ml，可进行显微取精手术，进行第三代试管婴儿，筛查出正常胚胎进行移植；

2、Y染色体微缺失：A段、B段Y染色体微缺失，目前无法治疗，只能供精，而C段缺失可通过显微取精方式，行三代试管婴儿获得正常生育。