卵巢腹腔镜手术的危害，首先要考虑对卵巢功能的影响。虽然腹腔镜手术是微创、先进、且很成熟的一门技术，但是它的技术是用电器械或者热器械，或多或少会影响卵巢的功能，特别是年轻的、有生育要求的女性术后更怕卵巢储备功能的下降。

如果很小卵巢囊肿做开腹手术，肚子上会留8-10cm或6-8cm的瘢痕，很多人不愿意接受。另外，开腹手术剥除囊肿时或多或少也会引起卵巢正常组织的损伤、卵巢细胞的减少等。术后年轻的女性担心的就是卵巢储备功能下降，而腹腔镜手术的危害更具隐匿性、潜在性。