较多患者发现贲门癌时已为晚期，大部分患者失去手术机会。临床上，包括晚期患者，总体贲门癌患者的5年生存率为15%-20%。手术患者1年生存率可达90%，3年生存率约为60%。

由于近年来医药水平的提高，尤其是靶向药和化疗药的发明，使患者的3年生存率及5年生存率均有所提高。其中，3年生存率提高5%-10%，5年生存率提高3%-5%。