肠结核常见部位为结肠膜，结肠的起始与回盲部，对于增殖性肠结核，磁共振检查有助于发现病变。对于肠结核早期或非增殖性肠结核磁共振检查不具优势，因为CT可产生高密度分辨率，观察的更细致更清晰，可进行CT检查发现细微征象。磁共振检查可用于检测有无局部肠结核、局部淋巴结肿大或局部结核性腹膜炎进而发现病变信号。