肛瘘手术以后最容易出现、也是医生和病人共同担心的有以下两个并发症：
1、肛门功能受到损伤即控便功能下降，患者可能有轻度控便功能异常、稀便控制不良甚至完全失禁；
2、伤口假性愈合，假性愈合会造成肛瘘复发。
为避免肛门功能下降，患者应该在肛瘘术后早期进行提肛功能锻炼。提肛功能锻炼即进行缩肛，每天30-50下左右。锻炼的过程也比较痛苦，尤其是在有伤口和创面的情况下进行。患者应该克服痛苦、恐惧的心理，因为手术以后肛门功能一旦减低对生活质量的影响非常大，所以必须进行提肛锻炼。如果进行损伤比较大的手术或者创面的伤口非常大，提肛锻炼的次数要适当增加，比如每天50-100下，分次进行，一次大概7-8下。持续、多次的提肛一般人很难做到，因为肛门肌肉进行锻炼时候非常劳累、疲劳，所以一般一次7-8下，一天分几次进行，凑齐30-50下。此外，为避免肛瘘术后假性愈合，存在以下两个方法：
1、换药当中彻底清理伤口，对伤口进行特殊处理；
2、使两侧臀部分开，使伤口尽量有一定时间避免两侧完全粘合，也能避免假性愈合的发生；
3、如果无法做到分开两侧臀部，则建议进行下蹲动作。下蹲时臀部肌肉都会牵扯着肛门口向两侧张开，所以每天下蹲15-30次左右也有利于预防假性愈合的发生。