气管镜检查在总体上相对较安全，多没有明确的后遗症，但可能引发并发症，如部分患者在做完支气管镜检查后，可能出现鼻出血、咳嗽、咳痰、声音嘶哑等较常见的症状，部分患者会出现眼睛充血的的症状。但可以很快消失，多数在1-2天之内可以完全恢复正常，不必过于担心，无需进行治疗。但使用支气管镜进行治疗时，可能会对支气管造成影响。