治疗不动杆菌肺炎，应针对不动杆菌选用药物，可分为经验性治疗和针对性治疗。经验性治疗，是指未得到细菌的具体药敏结果前所进行的治疗，一般选用广谱的头孢菌素类的抗生素，或头孢菌素和酶抑制剂，或青霉素类的药物和酶抑制剂的药物，或是碳青霉烯类的药物，可单独用药或联合用药；

针对性治疗可根据患者留取的痰、血液、尿液或其它体液的标本，根据药敏结果针对性的选用药物。