抗结核药物异烟肼、利福平常见不良反应为药物性肝脏损伤、肾功能损伤、白细胞与血小板减少、药物热以及药物性皮炎等。可引起部分患者产生周围神经病变，即手指发麻、脚发麻，严重者还可导致视神经炎。

吡嗪酰胺除引起肝脏损伤外，还可引起胃肠道反应及痛风发作，因此，吡嗪酰胺治疗时要求低嘌呤饮食，需多饮水促进药物排泄。链霉素、阿米卡星可造成听力损伤。

喹诺酮类药物最常见副作用为心脏损伤。部分患者可出现骨关节损伤，出现关节疼痛甚至跟腱断裂等副反应。