大多良性黑色素痣本身在良性范畴之内，故并不需要治疗。

如果色素痣位于手掌、脚掌、口唇或生殖器等易摩擦部位，或是颜色较深，伴有瘙痒、疼痛感，及色素痣范围5mm，同时合并有颜色不均匀，边界不清、影响美观等情况下，可采取手术治疗，以达到彻底切除的效果，还可对色素痣有无恶变作出明确诊断。

传统的点痣、激光、手术、冷冻等方法也可运用，但无法彻底去除痣细胞，尤其是交界痣和混合痣。