衣原体感染以非淋球菌性尿道炎多见。衣原体对抗生素比较敏感，治疗不困难，但是疗程较长。一般需口服四环素或强力霉素14天，如果耐药或疗效不满意，可改为红霉素、左氧氟沙星、阿奇霉素；对于顽固性病例，需要抗感染3-6周。如果治疗不彻底，男性可以引起急性附睾炎、前列腺炎；女性可以引起急性输卵管炎、子宫内膜炎、盆腔炎、不孕不育，治疗困难并容易复发，疗程延长，配偶需同时进行相应的治疗。