全麻对儿童主要的不良影响为脑部影响，但患儿在麻醉过程中只要不缺氧，则麻药对其脑部的影响可忽略不计。部分药物本身存在副作用，可能会对患儿的肝脏、肾脏、心脏等脏器造成不良影响，必须使用时可采取小剂量，分次用的方式，以减少损害。临床中，时间较短的小手术，应避免使用副作用较大的药物，进行较为复杂的手术时，如先心病手术时，需选择性的使用对小儿影响较小的药物。