急性心肌炎主要是病毒感染，因此一般的自然病程是5-7天，发病后24-72小时内病情最重，病人可出现心脏功能明显受损，严重的可出现心肌顿抑，此期间患者死亡率较高。但只要渡过重症期，病情可慢慢好转，进入恢复阶段。恢复需要多长时间与病情的严重程度有关。轻者在家里休息1-2周就可以了；若重症爆发性心肌炎，甚至需要进行叶克膜治疗，恢复时间较长。如果是年轻患者，可能是一到两个月，年龄比较大的患者可能需要半年。