普通胃肠镜检查，相对较痛苦，检查时需要使用一根橡胶软管，经过口腔、喉咙、食道、胃，直到十二指肠，管子在经过咽喉部位时患者会非常不适，可导致恶心、呕吐的现象。肠镜在肠内游走，亦会觉得疼痛，所以较多患者不愿进行胃肠镜检查。目前临床已经具有无痛胃肠镜检查，在检查前通过注射麻药，使患者进入睡眠状态，可在检查过程中及醒来之后没有任何不适感觉。