无痛胃肠镜检查和普通胃肠镜检查，其基本操作一样，区别是无痛胃肠镜检查在进行之前，需要给患者注射麻药，在其睡眠状态下进行操作，而普通胃肠镜检查通常在患者清醒状态下进行。较多患者担心注射麻药会导致痴呆，以及进行无痛胃肠镜检查之后，可有记忆力的减退。因为现在使用的麻醉药物代谢较快，几乎不会对于患者智力造成影响，尤其是成年患者，且临床中已经证明，对于三岁以上儿童也无任何影响。