肌间静脉血栓的治疗主要为抗凝治疗，即使血液处于稀释状态。可进行低分子皮下肝素注射，可使血液稀释，减少血栓蔓延，甚至可促使部分血栓被吸收。

若患者不能耐受皮下注射，可选择口服抗凝剂治疗，若为小腿肌间静脉血栓抗凝治疗通常需要3个月。另外，在抗凝基础上，患者还可服用马栗种子提取物等促静脉回流的药物以及穿弹力袜适当缓解症状。