肺栓塞的病因不同预后也不同。因长途旅行、手术、外伤等因素发病的患者，去除诱发因素，肺栓塞治愈后通常不再复发；先天性蛋白C、蛋白S缺乏不能纠正，治愈后容易复发。无慢性血栓栓塞性肺动脉高压的患者，半年后肺强化CT显示血栓完全溶解，各项生命体征恢复，可以认为患者痊愈。但是高龄患者、合并房颤或其他疾病的患者，治愈难度大，即使治愈也容易复发。