卵巢畸胎瘤采取的手术方式不同，手术过程有差异。最常见为腹腔镜下卵巢畸胎瘤剥除手术，首先让患者采取头低脚高位，腹部消毒后在腹壁打3-4个孔，将腹腔镜伸入腹腔，找到患病侧卵巢，切开卵巢表面，进行充分游离后，完整剥除畸胎瘤，再经过腹部创口，将无菌标本袋置入腹腔，将瘤体装入标本袋，再将囊肿和标本袋一并取出。临床多根据肌瘤情况决定是否病理检查，如果检查结果显示为良性肿瘤，处理完腹部伤口后，手术即结束。