针对单纯肠结核无需进行手术治疗，通过抗结核治疗，或辅以营养支持治疗，多数患者可以痊愈。如果发生肠梗阻，甚至肠穿孔及慢性溃疡，导致肠子之间的瘘道形成，甚至个别患者与膀胱，或与女性阴道，形成瘘道，需通过手术治疗。部分患者因为慢性溃疡，引起肠管出血，通过内科治疗无法控制，也需要急诊手术。对于肠结核已确诊的患者，治疗效果不好，回盲部及腹腔症状较重，经过磁共振或CT，发现腹腔具有较多诊断不明的包块，亦需要手术探查。如果肠结核合并消化道肿瘤，诊断不明时需要通过手术。