肠系膜淋巴结结核的患儿应严格规范地进行抗结核治疗。临床上患儿常用异烟肼、利福平等药物进行治疗，疗程至少应保证在6-9个月。治疗期间患儿尽可能持续服药，保证疗程充足，避免间断服药或过早停药，以免小儿肠系膜淋巴结结核反复发作。同时还应定期对肝肾功能进行监测，一旦出现肝肾功能损伤，应立即换用对肝肾功能伤害较小的抗结核药物进行治疗。