直肠癌保肛术后肛门疼痛原因主要有以下几个方面：

1、直肠癌手术时扩肛进行吻合可存在肛裂，肛裂后患者出现排便时出血可引起疼痛；

2、低位的直肠吻合后有肛门刺激症状，排便次数越多，刺激肛门周围的皮肤出现溃烂引起肛门周围疼痛；

3、结肠肛门吻合，超低位直肠癌保肛手术以后保留肛门，肛门周围的皮肤有痛觉，大便时肛门收缩引起疼痛；

4、部分患者放疗后出现放射性直肠炎和放射性肛门周围炎也可引起疼痛。