临床上，肛周脓肿手术费用经报销后，个人负担大约为3000-4000元。肛周脓肿单纯手术费约为1000元以下，但因患者病情、地区差异，检查、其它辅助治疗也有所差异，所以总费用差异较大。肛周脓肿手术具有两种手术方式，即切开引流、根治性肛周脓肿切除术，两者收费差别较小，总治疗费用因患者病情、地区、就诊医院级别、是否有医保有较大区别。