肛瘘的复杂性主要根据其走向、开口、位置决定，如具有2个或2个以上开口，瘘管走向不固定，位置可位于括约肌、皮下等，任何检查均难以确定患者肛瘘开口数量、瘘管位置及走向，具有不可预知性，故治疗比较棘手，需谨慎对待，方可彻底治愈。临床上，肛瘘和肛周脓肿是一种疾病两种过程，肛周脓肿是肛周感染急性期，如果肛周脓肿迁延不愈，可逐渐形成肛瘘。