复杂性肛瘘比较严重。由于其瘘管开口、走向、位置均无法确定，因此为肛瘘或肛周疾病中治疗相对棘手的疾病。复杂性肛瘘手术中如果瘘管治疗不彻底，或尚未将所有瘘管均治愈，则极有可能复发。因此，该病严重性在于治疗的不确定性。即使手术时遗漏小支管，也可能造成术后复发，对患者影响较大，可能导致患者的2-3次手术，甚至多次手术。