儿童囟门闭合晚，可能存在以下原因：

1、维生素D缺乏：儿童出生后需要补充足量维生素D，可以促进钙、磷吸收与利用。如果维生素D补充不足，可能会造成钙吸收不良，影响骨骼以及牙齿发育，可能会出现囟门闭合过晚情况。大部分儿童在2岁时前囟闭合，而后囟在出生6-8周已经闭合，如果发现儿童囟门闭合过晚，需注意及时补充维生素D与钙，有利于囟门闭合；

2、脑积水：儿童出生后要关注囟门以及头围变化，如果头围较大需要注意是否存在脑积水，或者颅内其他占位性疾病，及时进行相应检查与治疗；

3、其他疾病：比如慢性腹泻，可能会造成营养物质吸收以及利用障碍，导致儿童生长发育异常，出现囟门闭合过晚情况。