阴茎头扭转可能由一些先天性疾病造成，临床上最多见的是阴茎侧弯，因为阴茎体扭转造成阴茎头扭转，可以通过阴茎侧弯的矫正方法，使阴茎头扭转回来；

另一部分的发生率在于睾丸和阴茎转位，即睾丸长在阴茎前面，阴茎长在睾丸后边，在临床上也可见到，是先天性疾病，通过Z成形使阴茎回到睾丸的前面，睾丸回到阴茎的后边。但是单纯的阴茎头转位应该是先天性疾病，而不是后天原因。

如果外伤处理不及时，因为畸形愈合或感染也会造成阴茎头偏曲，也可以通过手术方法纠正，但是应根据致伤原因、缺损状态、缺损的多少选择不同方法得到整形外科的纠正。