生殖器疱疹的典型临床症状，在水肿性红斑上出现簇集性的小水泡或丘疱疹，2-4天后迅速发展为糜烂或溃疡，糜烂面或溃疡面同时伴有局部烧灼、瘙痒、疼痛感，部分患者还可以出现同侧腹股沟淋巴结肿大及压痛。生殖器疱疹患者中不典型临床症状比较多见，比如非特异性红斑、皮肤的裂隙、皮肤擦烂性红斑、皮肤毛囊炎样的改变、硬结样的改变，同时还包括包皮肿胀、渗液，都可以由生殖器疱疹感染引起。生殖器疱疹在临床表现上可以出现糜烂面和溃疡面，往往需要与梅毒疹相鉴别。类似毛囊炎样的损害，要与皮肤的细菌感染性疾病相鉴别，比如毛囊炎、皮肤疖肿，同时生殖器疱疹还可以出现非特异性红斑，需要与固定性的药疹相鉴别。