有些囊肿是生理性的，如临床上常见的黄体囊肿，并不属于肿瘤，而新生囊肿属于肿瘤。

肿瘤有良性，也有恶性，从肿瘤质地而言有囊性、实性，还有囊实性，都同属于肿瘤。临床上还有一个囊肿不属于肿瘤范围，如巧克力囊肿，是子宫内膜异位的囊肿，并不是新生肿瘤，是子宫内膜发生异位造成。

正常的子宫内膜应该长在子宫腔内侧面，内膜随着月经会发生周期性脱落，如果内膜长到卵巢，同样会引起出血，但是血排不出来，聚集在一起逐渐增多，就形成囊性改变，临床称为巧克力囊肿，不属于新生肿瘤。