肺真菌病跟肺结核鉴别主要是针对浸润型肺结核进行鉴别，主要有以下几点：
1、肺真菌病发生人群主要是慢性消耗性、免疫力低下或长期使用免疫抑制剂的患者；而肺结核也可出现在这类人群身上，但是肺结核患者有结核病患者的接触史，这是不同的。
2、肺真菌病患者起病比较急，病情比较重；肺结核是一个慢性疾病，会出现结核中毒的症状，如发热、咳嗽、咳痰、咳血；
3、影像学变化，肺真菌病患者胸片主要表现为中下肺叶病变，也可出现菌球，易与结核病的空洞鉴别；肺结核患者胸片病变范围主要出现在双肺尖后段、下叶背段；
4、肺真菌病试验室检查可能会找到真菌，如白色念珠菌一类；而肺结核试验室检查主要在涂片上找到结核菌，抗酸染色是阳性的，痰结核菌培养也是阳性的；
5、治疗方面，肺真菌病主要是抗真菌治疗；肺结核治疗主要是抗痨、抗结核治疗。这是两者的主要区别。
