秋水仙碱常见的副作用是胃肠道反应，出现腹痛、恶心、呕吐，甚至消化道出血，影响食欲。出现头晕、目眩，还有神经感觉麻木，这影响着神经系统。
另外，对泌尿系统也有影响，引起少尿，甚至尿痛、无尿等情况，这也是秋水仙碱的副作用。秋水仙碱是一种细胞毒的作用，即具有细胞毒作用，影响细胞有丝分裂。
对骨髓具有抑制作用，减少中性粒细胞，从而减少白细胞数量，对于免疫系统也有不良影响，降低免疫功能，对人体的防御系统具有破坏作用，所以不能长期服用秋水仙碱进行抗炎治疗。
秋水仙碱长期服用或者过量服用，还会引起休克。对于体弱多病的老人，一定要避免出现这种情况。因为秋水仙碱的毒副作用，没有药物能够综合或者抵消的，所以抢救困难。
应用秋水仙碱进行治疗的时候，要中病即止，即疾病消除，疼痛消除，就可以停药，不要长期服用，避免副作用带来的困扰。
