肝癌的射频消融手术中由于穿刺针非常纤细，比如常用的穿刺针直径只有1-2mm，所以穿刺的伤口并不会有明显的疼痛、感染症状。
主要的痛苦有可能来源于在加温或者降温的时候，对肝脏表面神经或者肝脏周围的正常脏器带来的刺激性作用，比如对胆囊或者肠管的刺激作用，在术中或者术后对患者造成不舒适的感觉，另外，肝脏的肿瘤如紧挨肠管，在进行根治性消融的时候，有可能会损伤到肠管，而造成肠瘘，患者则会出现腹痛、腹腔感染等一系列相关性的反应，需要用其它的治疗方式紧急性地修补和处理。
另外一些较大的肝脏肿瘤，在进行完一次性消融的时候，术后可能会出现发热、疼痛、恶心等胃肠道反应，统一称之为肝癌消融后综合征，这一类患者多数通过药物，及其他治疗方式的调理，多数在几天之内就会缓解，从而使患者有较好的治疗感受。