男生上厕所的时候小便刺痛，最好先做尿常规检测，观察尿中是否有大量的白细胞，然后再用药，因为推荐的药物都是抗生素，是处方药，不宜自行去购买用药，分为以下几种情况：

1、尿道炎：平时包皮过长，又不注重个人生殖器卫生，或包茎，包皮垢里的细菌，如大肠杆菌、表皮葡萄球菌入侵进入尿道，造成尿道炎。这时治疗首选喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星，或选择头孢类抗生素，代表性药物如头孢克洛；

2、淋病：如果有不洁性接触，除了小便的时候刺痛，尿道外口也会瘙痒，特别是有黄白色相间的脓液，经常会主诉在晨起的时候，甚至内裤和龟头都粘在一起。这种情况做快速的病原体检测，可能会发现链球菌，诊断明确后，可以采用大剂量的头孢菌素，或采用静脉输液的方法来进行治疗，一定要到医院诊断；

3、非淋菌性尿道炎：也与性传播有关，症状和淋病非常相似，但病原体检测是支原体、衣原体。这时一般建议使用大环内酯类抗生素，代表性药物有罗红霉素、阿奇霉素，一般疗程为2-3周。