经过多年的发展，现在先天性巨结肠的治疗预后相当好。现在在全国各个大医院，包括现在地市级以上的医院都纷纷开展了这个手术的治疗。现在巨结肠只要得到及时诊断，及时治疗，预后都比较好。当然要根据巨结肠的病变的程度，还有选择适合的手术方式，手术之后的护理非常重要，包括术后的扩肛，术后定期的门诊随访，术后一些饮食上的注意情况，这些都影响他预后的情况。巨结肠手术无论采取哪一种方式，巨结肠患儿的术后都会出现并发症的可能，其中最常见的包括便秘的复发、污粪、大便失禁、肛门狭窄等。这些主要还是由于本身的病变造成的，当然也跟手术方式的选择，术后的护理水平有关。术后最关键的是一定要根据医生的建议进行定期的扩肛，必要时还要进行清洁灌肠，培养小孩子逐步正常的排便习惯。
