EMR手术适应症主要是消化道病变，包括上消化道、下消化道的息肉性病变、＜2cm的早癌以及其他的良性病变，甚至异位胰腺等。如果病变比较小，可以考虑用EMR的方法；如果病变大，就要考虑用ESD的方法来进行病变的切除。如果病变比较大超过2cm，有凝血功能异常，考虑病变侵犯到黏膜下层，EMR的方法不能保证切干净，特别是早癌的病人，不能判定切干净的情况下，不建议采用EMR的方法。另外，对肿瘤性病变，恶性度比较高的病理性质为低分化腺癌的患者，不建议采用EMR的方法。