EMR手术是一种微创手术。在内镜手术难易程度分级中处于2-3级。EMR手术的风险大小与医生的经验密切相关。如果医生手术做的比较多，经验就相应丰富，患者出现并发症的几率就会大大减少。EMR是一种相对比较安全、可靠的手术办法。EMR手术可能的并发症包括出血、穿孔、局部感染，还有病变切除不干净的可能性。适用于良性病变，但对于恶性的消化道的早期肿瘤性病变，不建议用EMR的方法，使用ESD的方法比较可靠。一种术式可以治疗多种疾病，不同的疾病可以通过不同的术式进行治疗，消化道黏膜性病变或者肿瘤性病变究竟采取哪种方法因人而异，要根据医生的临床经验进行选择，能够达到病变的完全切除、完全治愈的办法都是有效的办法。
