三叉神经显微血管减压术是有一定潜在高风险的手术，是由手术区域所决定。该区域位于脑干发出三叉神经的地方，不但有重要的神经结构以及脑结构，同时该区域有众多的重要血管结构。如岩静脉是非常粗大的一组回流静脉，一旦破裂出血非常汹涌，而狭小的手术空间很快就会把手术也覆盖掉，导致不可控制的大出血。同时这里也有像小脑上动脉、小脑前下动脉、基底动脉和椎动脉，所以这个区域有一定风险性。另外在该区域里面，三叉神经下方就是面神经和听神经，以及前方还有诸如外展神经、滑车神经都是重要的神经结构，所以该区域的手术有一定的风险性。
