胃蛋白酶原是由胃部分泌胃蛋白酶的前提，可分为胃蛋白酶原Ⅰ和胃蛋白酶原Ⅱ两个亚型。

目前胃蛋白酶原已成为浅表性胃炎、糜烂性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、萎缩性胃炎以及胃癌等胃部疾病的初筛和治疗监测的重要指标之一。其中，胃蛋白酶原Ⅰ是检测胃酸分泌功能的一个重要指标，在胃酸分泌增多的时候，胃蛋白酶原Ⅰ就会上升；

胃酸分泌减少或者胃黏膜性萎缩的时候，胃蛋白酶原Ⅰ就会降低。而胃蛋白酶原Ⅱ与胃底黏膜病变有明确的相关性，其升高与胃底腺管萎缩、胃上皮化生、异型增生等有关。

如果联合检测胃蛋白酶原Ⅰ和胃蛋白酶原Ⅱ的比值，它的临床意义更大，如二者的比值进行性降低，则与胃黏膜的萎缩进展有关，因此可以作为胃癌高危人群筛查的一个重要指标。