尿结石的疼痛分为上尿路结石疼痛，以及下尿路结石引起的疼痛。一般把上尿路结石突然发作的急性腰肋部、肋腹部疼痛，同时伴有恶心、呕吐，有时病人伴面色苍白伴大汗，这种疼痛称为肾绞痛，这种疼痛实际上是最疼的一种疼痛，自己不能处理，要到医院就诊，尤其要泌尿外科专科的急诊大夫进行诊断，首先明确诊断是上尿路结石引起的肾绞痛，要除外普通外科或妇科疾病，明确诊断上尿路结石之后，可以给予强力的镇痛药止疼。
如果尿路结石引起的疼痛是排尿相关疼痛，有时需要考虑是不是下尿路结石或膀胱结石，或尿道结石引起梗阻的情况下产生的疼痛。膀胱结石或膀胱近端尿道的结石，会出现排尿尿流突然中断和会阴部放射痛，这跟肾绞痛完全不同。这样的处理最好是急诊处理，做完相关检查之后需要泌尿外科手术操作来处理。