颅内感染多数可治好。如病毒性颅内感染，若给予足量足疗程抗病毒药物，脑脊液内的病原体被杀死后，疾病则治好。

细菌性、真菌性也可完全杀死，只是患者较关心的是此疾病治好后是否会留后遗症，此方面则完全有可能，部分患者可能颅内感染后脑组织损伤较严重，病原体杀死后，即治愈后，还会遗留反复的癫痫发作或智能减退，如痴呆的表现，也可能遗留肢体瘫痪，此种情况并非未治愈，只要将脑内病原菌杀死，足量足疗程治疗结束，此疾病则治好。

但因脑组织损伤较厉害，或病程较久，可能会留后遗症。还有一种较特殊的颅内感染，即HIV感染，HIV长期感染后也可到脑组织内，但HIV本身是不可治愈的疾病，所以如果是HIV引起的颅内感染，治疗效果可能不佳。