蛛网膜囊肿的治疗要根据病人的发病年龄、囊肿的位置及大小，和对周围组织的影响综合判断。儿童出现蛛网膜囊肿，如果发生占位效应，即使没有症状也应该积极处理，避免囊肿长时间压迫颅骨。如果成年人出现无症状的蛛网膜囊肿，即使有占位效应也可以进行观察，无需治疗。

目前蛛网膜囊肿的治疗方法，是在内镜和显微镜下将蛛网膜囊肿打开清除掉囊液，然后将囊壁和蛛网膜下腔打通，这种方法的手术创伤较小，效果较理想。