小儿蛛网膜囊肿最常见并发症是头痛，头痛在小儿蛛网膜囊中临床表现上占第一位。部分患者囊肿比较大会引起颅高压，甚至囊肿破裂出血引起头痛。对于该部分病人，囊肿影响比较大，会严重影响生活。

其次，蛛网膜囊肿会引起癫痫，部分人病人囊肿比较大引起颅高压后，会有癫痫表现，发病率临床上并不是很高，但也需要重视。部分病人囊肿太大之后会引起脑积水，梗阻脑脊液通路，这部分病人后果可能会更加严重，会导致颅高压，即使没有导致颅高压，部分病人可出现脑发育不良。理论上5岁之前儿童，脑发育处于比较旺盛时期，如果该时间段产生脑积水，对患儿一辈子可能会造成影响。