如果三个月宝宝有心脏杂音，但完善心脏彩超检查，提示宝宝心脏结构和功能正常，考虑部分宝宝可能是在生长发育过程中，出现一过性生理性杂音。但最常见病理状态，因为孩子刚出生，年龄比较小，具体原因如下：

1、先天性心脏病：最常见，比如房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄等较简单的先天性心脏病，根据不同的先天性心脏病类型，听到杂音性质、杂音部位有所区别；

2、先天性心脏瓣膜病：心房和心室之间的连接叫心脏瓣膜，比如先天性二尖瓣发育不全或先天性三尖瓣发育不全，都可能出现各种不同类型心脏杂音。