胃镜管子通常并非一次性，多是由特殊软性材料制作而成，可以反复应用。每一次做完胃镜检查后，医生都会对管子进行严格消毒。

此外，胃镜检查之前要先检查乙肝及肝功能情况，目的是发现有无乙肝传染病。如果患者有传染性疾病，要按照传染病消毒方法处理，严格程度会更高，需要冲刷、洗涤，并延长在消毒液中浸泡时间，然后再冲刷、洗涤、晾干，放置在专门无菌容器中。